พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำเป็นแหล่งน้ำขนาดเล็กที่อาศัยอยู่โดยชาวน้ำ ใช้วิธีการและวิธีการต่าง ๆ เพื่อรักษาสมดุลทางชีวภาพในนั้น หนึ่งในวิธีการเหล่านี้คือการทำความสะอาดน้ำในตู้ปลาด้วยตัวกรอง
ในการกรองน้ำให้ใช้ตัวกรองตู้ปลาที่ออกแบบมาเป็นพิเศษซึ่งทำงานร่วมกับปั๊มไฟฟ้า ใช้ในตู้ปลาที่มีปลาหลากหลายชนิดอาศัยอยู่
ตัวกรองแขวนภายนอกเป็นกล่องพลาสติกที่สามารถพับเก็บจากหลายส่วนนอกตู้ปลา หลักการทำงานของมันง่ายมาก: น้ำถูกนำออกจากตู้ปลาซึ่งผ่านตัวกรองแล้วกลับคืน สายตาเปรียบได้กับน้ำตก
ตัวกรองอากาศยกเป็นภาชนะพลาสติกขนาดเล็กที่มาในรูปของทรงกระบอกหรือลูกบาศก์ น้ำเข้าสู่ตัวกรองผ่านฝาครอบที่มีรูพรุน จากนั้นไหลภายใต้แรงดันจากบนลงล่างผ่านวัสดุกรอง ลอยขึ้นผ่านลิฟต์ทางอากาศและกลับไปที่พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ตัวกรองนี้เหมาะสำหรับตู้ปลาขนาดเล็กเพื่อให้มีการกรองเพิ่มเติม
ตัวกรองฟองน้ำเป็นตัวกรองแบบดั้งเดิม แต่เป็นที่นิยมมากที่สุด ซึ่งประกอบด้วยหลอดเจาะรูที่มีตลับโฟมติดอยู่ น้ำที่ปนเปื้อนเข้าสู่ตัวกรอง ถูกทำให้บริสุทธิ์ผ่านยางโฟมและไหลกลับผ่านท่อ
พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำจะได้รับการบำรุงรักษาทั้งนี้ขึ้นอยู่กับประเภทของตัวกรอง เมื่อใช้วัสดุทำความสะอาดเชิงกลในตัวกรอง จะต้องทำความสะอาดอย่างต่อเนื่อง สารเคมีจำเป็นต้องเปลี่ยนเป็นระยะ และจำเป็นต้องเปลี่ยนตัวกรองชีวภาพเพียงบางส่วนเท่านั้น